assim parceiro como sabemos java é multiplaforma, entao vai de 98, xp, 2000, linux… roda tranquilo… mas fiquei assim na inercia… vc quis saber realmente de sistema operacional ou de hardware?
Entretanto, você pode tentar ver se o JBoss (que é também um servidor J2EE) funciona em Windows 98. Você pode tentar a versão que vem em um arquivo .zip e ver se ela funciona.
(Nunca experimentei - já tive tantos problemas com o Windows 98, que desaconselho seu uso; até a Microsoft já “puxou a tomada” do Windows 98 - não dá mais suporte ao Windows 98.)
Máquinas com Windows 98 normalmente são muito velhas e têm muitos problemas do tipo “falta de memória”, “falta de disco” e falta de outras coisas necessárias para que um ambiente exigente como o do J2EE + Eclipse consiga rodar direito.