Amigo eu nunca alterei as configurações padrões do jboss, incluse utilizo apenas o tomcat, fiz apenas alguns testes com o jboss, mas os arquivos de configuração fica no diretorio JBOSS_HOME/config, provavelmente você encontrará uma pasta chamda default dentro dela, faça algumas aterações nos arquivos que estão aí dentro, não custa!!
O Axis é uma aplicação Web, e você instala como tal.
Pode copiar o diretório contendo toda a aplicação Axis (já vem pronto na instalação do Axis) no diretório de deploy do Tomcat, ou copiar os jars do diretório lib da instalação do Axis em sua aplicação e instalar os mapeamentos para os servlets do Axis no web.xml da sua própria aplicação.
Acho que você vai precisar instalar também o Xerces, a última versão acho que é 1.4.4.