Primeiramente, nunca mexi no JBuilder, portanto, não tenho opinião formada a respeito dele.
A respeito do Eclipse e do Netbeans, ambas são plataformas poderosíssimas, e tem recursos poderosíssimos também
Então essa decisão fica mais a gosto do freguês 
Uma ferramenta boa é aquela que te atende.
Agora, uma opinião minha, então nao deve ser considerada como verdade absoluta(sem pedradas) 
O Netbeans facilita muito a vida do desenvolvedor, tendo muitas coisas clicar e arrastar, e isso acaba gerando muito código desnecessário e(o pior) não editável. Aí, por abstrair tanto detalhe na hora do desenvolvimento, acaba prejudicando quando se precisa fazer algum ajuste mais fino.
Eu sinto que o Eclipse é o mais usado por aí no mercado (na empresa que eu trabalho mesmo nunca vi um netbeans rodando). Mas é como eu disse, a melhor ferramenta é aquela que te atende.
espero ter clareado um pouco 
[]`s
Matheus