JDialog não aparece - mas consigo acessála pelo ALT+ESPAÇO

Postei essa mensagem inicialmente no fórum Interface Gráfica, mas acho que o assunto se aplica à este também.

Tenho uma aplicação em java que é controlada por uma outra aplicação via stdin. Essa outra aplicação envia os comando e minha aplicação em java faz o processamento e retorna em stdout, eventualmente mostrando diálogos.

Até então só estava utilizando JOptionPane para os diálogos, porém precisei implementar um usando JDialog modal. Pois bem… rodando a aplicação java sozinha e digitando os comandos no console do NetBeans (ou até usando a linha de comando do Windows), tudo acontece às mil maravilhas. Mas, utilizando a aplicação controladora, a tela usando o JDialog simplesmente não aparece.

Percebo que a tela do sistema controlador perde o foco e, se eu teclar ALT+ESPAÇO consigo ver o menu de contexto dessa JDialog. Consigo até mover e alterar o tamanho dela. O fluxo pára esperando que ela se feche. Mas ela simplesmente não aparece.

Alguém teria alguma idéia do que poderia estar acontecendo?

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