Desconsidere muitas coisas que ele falou.
Cara em resumo, JEE é uma plataforma voltada para internet, intranet e provê vários recursos como JDBC para acesso a banco de dados, EJB para componentes de software, JSP é um servlet para apresentação de páginas dinâmicas, Servlet que é utilizado para construção de conteúdos dinâmicos, JPA que é uma especificação para mapeamento objeto relacional, JTA para transações, JCA para comunicação com legados…
Veja que é uma plataforma muito robusta, o que possibilita fazer muita, muita coisa.
Quanto ao que o professor disse, quanto você programa java + html, no caso seu html dentro de um JSP, no fundo não deixa de ser JEE, agora por caridade e avanço da humanidade NÃO FAÇA ISSO.
Essa “técnica” foi banida e hoje sequer é adminissível falar em Scriptlets (Programar java dentro do HTML (JSP)). Para isso pesquise sobre MVC, que é um padrão para desenvolvimento em camadas, onde você divide as responsabilidades dentro da aplicação.
Quando você programa com scriptlets você mistura duas camadas distintas no mesmo documento, a manutenção vira o infortúnio e sua aplicação fica trash.
Infelizmente existem aos montes professores assim, que não acompanham o avanço da tecnlogia, não obstante o fato deles ficarem ultrapassados, ainda passam um “conhecimento” errado aos alunos.
[]'s Hewerton Crisóstomo