Finalmente consegui instalar o jmf no linux, com o player dele (q é em java) e abri o vídeo de boa, quando eu tento abrir com um player criado no java ele executa esse erro:
Unable to handle format: MPEG, 352x240, FrameRate=29.9, Length=126720
Mas o audio roda de boa. Já instalei muitos codecs de vídeo, e o vídeo q eu to tentando roda ta la na tabela do jmf.
Se alguem souber … agradeço
vlw
Ninguem? 
então cara, mas eu instalei na versão linux, e só to usando vídeos q o site do jmf diz suportar…
o aúdio roda, mas o vídeo não. No windows eu instalei e foi tudo certo.
Vc já tentou rodar algum video de outro formato?
segundo essa especificação http://java.sun.com/products/java-media/jmf/2.1.1/formats.html
o formato .avi é suportado por todas as versões.
Caso não rode, vc ja verificou se vc adicionou todas as bibliotecas ao seu projeto?
Se ele roda o mesmo video na aplicação que vem com a instalação.
Talves vc não tenha adicionado os jars certos em seu projeto…
Abraços!
é isso que eu to desconfiando cara, mas sei la, quanto aos vídeos ja testei vários formatos. Ja joguei todos os jars possíveis no netbeans , no jre, no jdk.
Ta osso :s