JNA - Interoperabilidade entre plataformas

Estou utilizando uma biblioteca (JVLC) que utiliza a JNA para manipular as bibliotecas nativas…
As bibliotecas nativas estao no diretorio da aplicacao. Na versao windows todas as dll`s ficam nesta pasta e minha aplicacao funciona perfeitamente. Na versao linux, coloco todos os arquivos .so necessarios, mas a aplicacao nao funciona…Para a JNA deria transparante o tratamento das libs nativas, sendo que tanto em linux quanto windows a lib [e referenciada por libvlc?