Estive lendo sobre JPA, parece interessante, gostaria de saber se é aplicável a um software desktop onde algumas “poucas” variáveis (pode ser 10 ou pode ser 1000, depende do que o usuário quer fazer) são gravadas em um arquivo (não importa a extensão).
Ou JPA é só para bancos de dados grandes e é inviável para pequenas quantidades em aplicativos desktop?
JPA só funciona para banco de dados.
Portanto, a menos que você faça ou encontre um driver JDBC que escreva em arquivos TXT :shock: , a JPA não vai te ajudar.
Mas se um arquivo texto resolve, pense em usar um banco de dados embarcado. O DerbyDB, por exemplo já vem com o Java 6. 
Existe um driver ODBC (não JDBC) que apenas LÊ de arquivos texto; não consegue escrevê-los. Por isso não recomendaria seu uso.
Será que para salvar arquivo texto o melhor não fica sendo usar o FileWriter e FileReader mesmo?
Ou tem algo mais fácil ou melhor para salvar pequenas quantidades de dados?