Nao existe motivo plausivel pra se carregar 100.000 objetos numa JTable. Vc pode:
A) Paginar os registros (doloroso e complicado em se tratando de desktop).
B) Forçar ao usuario informar mais filtros, de maneira que ele so enxergue no maximo 100 (mais do que isso nao faz sentido, ele nao vai ficar zoiando ate achar, pra isso existem filtros).
Se seu registros na JTable sao objetos, vc pode criar um Comparator para esse objeto e entao aplicar o metodo sort() da classe Collections, baseado no numero de ordem no seu caso. Dessa maneira vc permite que ele re-ordene qtos registro quiser pra so depois salvar tudo. Se for fazer re-executando a query, pra cada registro que ele alterar vc vai te que comitar isso e re-executar a query (custoso e trabalhoso);