Leitura de arquivo

Para converter texto em inteiros:
int inteiro = Integer.parseInt(texto);

Para ler apenas um caracter de um String.

int indice = 0; //Cada índice é um char da String, começa em 0.
String char = texto.substring(indice,indice+1);

se o seu arquivo for padrão , ou seja as posições dos caracteres nunca altere
vc pode usar o metódo subString()

File f = new File("/path");
		FileReader r = new FileReader(f);
		BufferedReader br = new  BufferedReader( r );
		
		int x = Integer.parseInt( br.readLine().substring(0,1) );

outra opção e usar o metódo split() , mas vc vai ter que adicionar um separador padrão entre os caracteres do arquivo de uma olhada na documentação da classe String para maiores detalhes

Grato pelas respostas.