estou usando o PuTTy, e tudo e gravado em um log. Quero, por exemplo, digitar qualquer comando apos o # guardar o que foi gravado no log em uma variavel ate o momento em que aparecer o proximo #.
Hum, você precisa tratar aquelas streams - veja o javadoc da classe Process, que você deve ter usado para invocar o PuTTY. Não me lembro de cor se você tem de chamar “getInputStream” ou “getErrorStream” ou sei lá o quê, por favor procure na documentação.
Para tratar, isso é meio enjoado porque, pelo que imagino, você vai ter de distinguir entre o caso em que o “#” aparece só como prompt, e o caso em que o “#” aparece no meio da saída. Acho melhor você, na sua sessão, definir o prompt (PS1=blablabla , no caso do bash) com uma seqüência altamente improvável de aparecer na saída dos programas, para ficar mais fácil de achar.