Lendo em arquivos e diretório de uma só vez

Programação Java
#1

Galera, estou com um código que faz pesquisa em diretório, entretanto, ele lê os ficheiros de um diretório, caso tenha uma pasta dentro, ele solicita novamente a pesquisa da palavra a ser encontrada. Resumindo, eu queria que fizesse a pesquisa de uma vez só em pastas e arquivos do diretório. Segue a parte do código:

[code]if ( !pal.equals("") && array1.length == 13 ){
for (File file: fList){
if (file.isFile()){
BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader(file.getAbsolutePath()));
while ((linha = in.readLine()) != null){
if (linha.contains(pal)) {
char[] array = linha.toCharArray();

				                    	System.out.println("  **  CNPJ: " + array[75] + array[76] + "."+ array[77] + array[78] +
				                    				array[79] + "." + array[80] + array[81] + array[82]+ "/" + array[83] + array[84] +
				                    				+ array[85]+ "-" + array[86] + array[87] + "   Ano: "+ array[100] +
				                    				array[101] + array[102] + array[103] + "/" + array[104]+ array[105] + "  **");
				                    	
				                        System.out.println("  **  No arquivo: " + file.getName() + "  **");
				                        System.out.println("  **  No Diretório: " + file.getCanonicalPath()+ "  **	 \n");
				                        	
				                    }
				                }
						}else  if (file.isDirectory()){
							JOptionPane.showMessageDialog(null, "O diretório " + "/" + file.getName() + " foi encontrado. Faça outra busca! ");
							listar(file.getAbsolutePath());	
						}[/code]
#2

Achei o problemas: depois que passava do “else if”, ele voltava para pedir a palavra, só fiz isolar…

#3