Quando você usa o getClass().getResource(String) ele vai pegar a partir do /WEB-INF/classes (local onde está a classe). Ou seja, basa fazer getClass().getResource(“arquivo.wsdl”)
numa instancia de ServletContext você pode chamar o método “getRealPath” passando uma string com o nome do arquivo como por exemplo “/WEB-INF/index.jsp”
String nome = "/WEB-INF/index.jsp";
File file = new File(servletContext.getRealPath(nome));