Ler Número de caracteres de várias linhas e comparar

Procure identificar algo de comum no cabeçalho ai quando vc estiver lendo o arquivo que vc entra isso que é comum voce ja sabe que essa linha devera ser ignorada

pra você saber o tamanho de um String você pode usar o método length

Para comparar (descobrir se é o cabeçalho) você pode usar os métodos equals ou equalsIgnoreCase.

Não sei como ajudar mais na comparação, porque você não forneceu informações suficientes.

Agora se tem dúvidas quanto a leitura de arquivos, leia esse artigo do GUJ sobre isso

Não seria algo como:

Scanner in = new Scanner(new File("nomeDoArquivo.txt")); while (in.hasNextLines()) { String linha = in.nextLine(); if (linha.startsWith(">")) { System.out.println(); continue; } System.out.println(linha + " --> " + linha.length()); } in.close();

Qual parametro a ser usado para fazer isso?
e como imprimir o número de caracteres de cada linha?

Cara leia o que o ViniGodoy postou e o que digaoneves postou acredito que ja tem tudo o que voce precisa para fazer o algoritmo

ViniGodoy, seu script está correto, mas como eu faço para ler toda sequência e ter um valor destas, esse exemplo que você me mostrou ele atribuí o valor de caracteres por linha, mas na verdade eu querio o valor de caracteres por sequência, exemplo:

>cabeçalho
AAAAAAAAAA
AAAAA ------>Essa sequência tem 25 caracteres
AAAAAAAAAA
>cabeçalho
DDDDD --------->Essa 15 caracteres
DDDDDDDDDD

A partir dessa informação somaria as sequências e tiraria a média entre elas, como faço isso?

Obrigado!