Ler um arquivo file.java ou file.class

Olá, estou com uma dúvida e gostaria de exemplos.

Quero fazer um projeto que irá ler outra classe.
Esta classe será arquivo e fora do projeto.
Eu possuo o projeto principal chamado BlackProject.jar

Nele posso fazer implementações de comandos sem precisar editar o projeto, ao ligar a jar ele irá gerar uma pasta caso não exista denominada Comandos e nela irá ter arquivos .class ou .java o que de para ser lido ou chamado, sendo assim ele irá carregar essas classes.

Agradeço sua atenção e espero que me ajude.