Levar um programa a correr para uma página web

Viva
Sou novato aqui no fórum, e por isso não sei bem como é que devia escrever o tópico…
Já agora apresento-me… para além de ser novato aqui no fórum até à pouco tempo (3 semanas atrás) nunca tinha tentado programar em java, até que me surgiu um projecto que me motivou bastante… como disse não sabia nada de java já li bastante comecei entretanto a programar em jsp (…) durante as ultimas 3 semanas não fiz outra coisa…
Com o projecto em mãos pretende-se comunicar através de uma página web com uma porta série… que por sua vez comunica com um equipamento…
(ainda não sei qual o protocolo de comunicação com esse equipamento… não sei se a comunicação série tem um padrão…) mas a questão é a seguinte:

Através de uma aplicação java existe a possibilidade de “chamar” o programa que por sua vez comunica com esse equipamento?
Tipo eu apenas quero que esse programa corra na minha página web… pois eu sei que através desse programa consigo comunicar com o dispositivo…
Será isto possível?

Obrigado ao GUJ pela oportunidade de expor este tópico…
E agradeço desde já àqueles que tiverem alguma certeza me elucide se é possível ou não…

Obrigado!