Realmente essa comparação gera muita discussão, assim como Java x .NET.
Acho legal você perguntar a opinião do pessoal, mas muito cuidado com os xiitas que acham que um é melhor com o outro sem ao menos ter argumento.
Eu aconselho você testar os dois. Você já sabe que a JVM roda legal, então separe uns 10gb do seu HD e instale o Linux e tire suas própria conclusões. Aconselho utilizar a distribuição Ubuntu para começar.
Eu particularmente gosto dos dois sistemas operacionais, comecei a utilizar linux em 1997 com a versão do Slackware 3.0, mas depois de 2005 eu dei uma parada e voltei a utilizar a poucos dias (usando o Ubuntu).
Sempre achei o Linux muito melhor que o Windows em relação a servidores (arquivos, banco de dados, application server, etc), porém não acreditava nele como uma estação de trabalho, porque antigamente era dificil para um usuário comum, configurar ele.
Mas hoje em dia, felizmente o Linux está muito mais amigável (instale o Ubuntu e veja), mas não é por isso que ele é melhor em todos os pontos que o Windows (na minha opinião).
Como já disse, instale o Linux e tire suas conclusões 