Local do l4j.properties

Na verdade você pode colocar o log4j.properties onde desejar, contanto que ele esteja visível no ClassPath

Eu coloco o log4j.properties no local aonde ficam os .class, e ai não preciso configurar mais nada, e eu gostaria de trocar o local do mesmo e colocando no classpath todos os projetos da que existirem na máquina vão pegar este local?

Um jeito é esse:
http://bytes.com/forum/thread16405.html

Para usar:

java -Dlog4j.configuration=file:///path/to/log4j.properties MyApplication

Eu teria que fazer isso toda vez que o programa fosse rodar?