Eu vou contar a minha experiência com Ponto Eletronico, trabalhei cerca de 3 anos com sistemas de RH e tenho algumas soluções bacanas para esse problema e uma muito boa que foi implementada recentemente.
Caso não seja o interesse utilizar o cartão uma solução acessivel é o seguinte.
Primeiramente, Sistemas para Ponto através de WEB tem como foi dito um probleminha quando alguem resolve implementar um robozinho para bater o ponto.
Casos Reais de Tentativas de Burlar o ponto:
-Aconteceu uma vez que um Fulano, implementou um robo e um dia a nossa Empresa estava em Greve. Já pra imaginar a zica que aconteceu.
-Fiquei sabendo que algumas pessoas batiam o ponto num estado com um certo fuso horário e mudavam para outro, só que eles não imaginavam que havia um relatório mensal de marcações em estados diferentes.
-Problemas com pessoas que faziam Jornada Extendida que era trabalhar de ponto batido, a pessoa entrava com ação contra a Empresa pois solicitava-se a horário de catraca para comparar com o horário da marcação do ponto.
Problemas, existem muitos até que foi desenvolvida uma solução bem melhor.
Foi desenvolvido um sistema que acessa a API do Windows e ao Bater o Ponto, ativa o Screen Saver ou Efetua o Bloqueio da Estação, somente permitindo o desbloqueio através da marcação do ponto.
Essa solução pode ser uma boa para o seu caso.