Lucene e Stop Words

Olá !
O desespero bate à porta.
Tenho o Dspace instalado em servidor Linux rodando Tomcat. O Dspace utiliza como ferramenta de pesquisa o Jakarta Lucene. Desejo inserir algumas Stop Words, que são palavras ignoradas na pesquisa (ex: “de”, “um” etc). Baixei o lucene.jar correspondente à versão 1.4.2 e detectei o arquivo fonte que deve ser alterado, o StopAnalyzer.java. Fiz as alterações necessárias, compilei e criei o class. Depois, executei o comando para atualizar o jar:
jar -uf lucene.jar StopAnalyzer.class
e sobrescrevi o lucene.jar para usr/local/dspace/lib (onde ficam os demais jar do Dspace)
Executei o comando para criar o dspace.war e copiei para debaixo do webapps.
já reiniciei o Tomcat.
Ocorre que a pesquisa no browser continua encontrando as palavras que deveriam ser ignoradas, o que indica que a alteração feita não está valendo.
O que está errado? Pode ser o Manifest.mf? Como saber se este arquivo está ok?