Fala galera!
Olhem o que está acontecendo: Criei uma aplicação no NetBeans e já chegei a conclui-la, mais de repente ela parou de funcionar corretamente. Fui investigar e acabei descobrindo que o Manifest do JAR está alterando o Class Path sozinho.
Após compilar e rodar a aplicação pela 1ª vez tudo ocorre beleza, mais da segunda em diante não funciona mais por que o Class Path foi alterado do nada :-o
Olhem como o Manifest está logo após ser compilado:
Manifest-Version: 1.0
Ant-Version: Apache Ant 1.8.2
Created-By: 1.6.0_24-b07 (Sun Microsystems Inc.)
Class-Path: lib/AbsoluteLayout.jar lib/commons-io-2.0.1.jar
X-COMMENT: Main-Class will be added automatically by build
Main-Class: Main
E após a aplicação ser rodada pela 1ª vez:
Manifest-Version: 1.0
Ant-Version: Apache Ant 1.8.2
Created-By: 1.6.0_24-b07 (Sun Microsystems Inc.)
Class-Path: lib/AbsoluteLayout.jar lib/log4j-1.2.16.jar lib/commons-io
-2.0.1.jar
X-COMMENT: Main-Class will be added automatically by build
Main-Class: Main
No Class Path está sendo adicionado a lib log4j-1.2.16.jar que eu já tirei a muito tempo e não sei como ela vem para ai (já olhei nos arquivos de config do NetBeans mais não achei nada) e na lib Commos IO a linha está sendo quebrada e estão sendo adicionados dois espaços fincando assim: “lib/commons-io -2.0.1.jar”.
Já tentei alterar o Class Path depois que ocorre esse problema mais ele sempre “se reescreve” 
No meu projeto não tem mais nenhuma referência do Log4J. Já criei outro projeto e copiei o mesmo código mais ainda ocorre o mesmo problema.
Alguem sabe o porque disso? Será que é coisa do NetBeans (Já testei no 7.0 e 6.9.1 e tá a mesma coisa)?