Pessoal…
Tenho uma matriz:
id	nome	cpf
3	andre	111
1	fulano	111
2	Beltano	333
Gostaria de ordena a coluna  " ID " com suas caracteristicas, mas quando tento ordena. Ele só ordena a coluna “ID”.;
Como poderia fazer para deixar dessa forma:
id	nome	cpf
1	fulano	111
2	Beltano	333
3	andre	111
         
        
          
        
           
           
           
         
         
            
            
          
       
      
        
        
          Aqui no guj tem alguns exemplos de ordenação de matriz, por exemplo:
http://www.guj.com.br/posts/list/25392.java
Mas caso esteja iniciando com java agora, sugiro que comece por ordenações mais simples para ficar mais de entender.
Para solucionar o seu problema poderia ser feito algo como abaixo, porém existe diversas formas de fazer. O exemplo abaixo foi feito utilizando do método sorte da classe Arrays jundo ta implementação da interface comparetor
//matriz antes de ordenar
        String matriz[][] = { 
            {"3", "Andre", "111"},
            {"1", "fulano", "111"},
            {"2", "Beltano", "333"}
        };
        Arrays.sort(matriz, new Comparator() {//utilizando a interface comparetor
            public int compare(Object o1, Object o2) {
                String[] a1 = (String[]) o1; 
                String[] a2 = (String[]) o2;
              //testando o valor da primeira coluna
                if (Integer.parseInt(a1[0]) == Integer.parseInt(a2[0])) {//caso os ids sejam iguais                   
                    return 0;
                } else {
                    return Integer.parseInt(a1[0]) < Integer.parseInt(a2[0]) ? -1 : +1;
                }
            }
        });
        //depois de ordenada
        for (int i = 0; i < matriz.length; i++) {
            for (int j = 0; j < matriz[i].length; j++) {
                System.out.print(matriz[i][j] + " ");
            }
            System.out.println("\n");
        }