Manipular arquivos no servidor

Lá vai outro post!!
É o seguinte:
Suponhamos que eu tenha um programa feito em swing(desktop) rodando direto no servidor, com apenas um icone de atalho no pc cliente, onde o usuário manipularia arquivos como txt(criar, gravar, deletar, etc…) por exemplo. Seria necessário configurar algo na JVM para dar permissão para isso ou não?
Pergunto isso pois este procedimento é necessario no framework do dotnet e eu apanhei bastante para descobrir como configurar aquela coisa!
Bom… qualquer ajuda é bem vinda para um novato em java, um abraço!!!