Matrizes e arquivos de texto

String sep = File.separator;
File dir = new File(sep+"caminho"+sep+"do"+sep+"arquivo");
for (File f : dir.listFiles()) {
	// faz algo com o f
}

import java.io.File;
import java.io.FileNotFoundException;
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Scanner;
import java.util.regex.Pattern;

public class JavaApplication6 {

	public static void main(String[] args) throws FileNotFoundException {
		String path = "/Users/americo/Desktop/pasta";
		path = path.replaceAll("\\/", File.separator);
		File pasta = new File(path);
		List<Guy> guys = new ArrayList<Guy>();
		for (File f : pasta.listFiles()) {
			Scanner scan = new Scanner(f);
			scan.useDelimiter(Pattern.compile(";|\r\n"));
			while (scan.hasNextLine()) {
				String name = null;
				byte age = 0;
				float salary = 0;
				if (scan.hasNext())
					name = scan.next();
				if (scan.hasNextInt())
					age = scan.nextByte();
				if (scan.hasNextFloat())
					salary = scan.nextFloat();
				guys.add(new Guy(name, age, salary));
			}
		}
		System.out.println(guys);
	}

	private static class Guy {

		private String name;
		private byte age;
		private float salary;

		public Guy() {
		}

		public Guy(String name, byte age, float salary) {
			this.name = name;
			this.age = age;
			this.salary = salary;
		}

		public String getName() {
			return name;
		}

		public void setName(String name) {
			this.name = name;
		}

		public byte getAge() {
			return age;
		}

		public void setAge(byte age) {
			this.age = age;
		}

		public float getSalary() {
			return salary;
		}

		public void setSalary(float salary) {
			this.salary = salary;
		}

		@Override
		public String toString() {
			return "[" + name + ", " + age + ", " + salary + "]";
		}
	}
}

public void capturarDiretorios() {
		File arquivo = new File("E:\Rafael\Desktop\CPC_FILES\Arquivo.txt");
		File [] diretorio = arquivo.listFiles();
		for(File f : diretorio){
			if(f.getName().endsWith(".txt")){
				readContent(f);
				//Arquivo .txt				
			} else {
				//Outra extensão de arquivo
			}
		}
	}
	
	public void readContent(File f){
		try{
			BufferedReader reader = new BufferedReader(new FileReader(f));
			String linha = null;
			while((linha = reader.readLine()) != null){
				capturarConteudo(linha);
			}
		} catch (FileNotFoundException fileNotFound){
			fileNotFound.printStackTrace();
		} catch (IOException ioex){
			ioex.printStackTrace();
		} catch (Exception e){
			e.printStackTrace();
		}
	}
	
	public void capturarConteudo(String linha){
		String [] dadosDaLinha = linha.split("Caractere especial aqui");	
		//Faz mais alguma coisa aqui
	}

//Como não se sabe os nomes dos arquivos, voce pode selecioná-los em tempo de execução
			                       
			               JFileChooser choose = new JFileChooser("C:");//diretorio onde estariam os arquivos
			               File file = new File("");
			               int escolha = choose.showOpenDialog(null);
			       
			               if (escolha == choose.APPROVE_OPTION) {
			       
			                   file = choose.getSelectedFile();
			       
			               }

BufferedReader reader = new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(file), Charset.forName("ISO-8859-1"))); //É bom especificar a codificação, ex.: ISO-8859-1.
			       
			       
			               String[][] matriz = new String[100][10];
			               String linha = "";
			               int j = 0;
			               //Lendo o arquivo linha por linha
			               while ((linha = reader.readLine()) != null) {
			       
			                   for (int i = 0; i < 10; i++) {
			       
			                       matriz[j][i] = linha.split(";")[i];//pegando os campos do arquivo, separados por ';' e colocando-os na matriz
			                   }
			                   j++;//itera para a próxima linha da matriz
			               }
    }