Melhor forma de comuniação: JNDI ou WebService?

Bom Dia,
Estive fazendo uma pesquisa na internet sobre JNDI e sobre webService mas gostaria de ouvir a opiniao de pessoas que tem mais experiencia no assunto. Há algum tempo fiz uma implementação de um webService para a comunicação ente dois clientes. Em ambas as pontas os clientes são java, a diferenca seria o servidor de aplicação, onde em um cliente é Weblogic e no outro é websphere. O servico funcionou sem problemas e a comunicação acontece normalmente, porém após eu terminar a implementação eu comecei a ler sobre JNDI, JMS, e beans e fiquei imagino se nao poderia implementar a comunicação com esses dois clientes de outra forma.
Como nesse caso específico eu tenho 2 aplicações java se comunicando eu nao poderia usar uma conexao JNDI para instanciar um Objeto remoto? Ou ainda eu não poderia usar uma comunicação via fila e um Message Driven Bean ou algum outro tipo de bean? Eu gostaria de saber também qual tipo de comunicação que seria mais rapida e eficiente: Um WS que envia e recebe objetos( sendo que a parte de na qual envelopamos e desenvelopamos o XML fica transparente) ou um esquema no qual eu citei acima usando os objetos com uma fila ou instanciando uma classe remotamente( se isso for possível)?
Grato
erick