Melhor maneira de modelar base de dados?

É difícil indicar a “melhor” maneira de modelar determinadas informações num Banco de Dados, depende muito do problema que a sua aplicação se propõe a resolver. Recomendo estudar os tópicos [1] Análise e Projeto de Aplicações através de Orientação a Objetos e, na medida do possível, [2] Análise Essencial. O tópico [1] vai lhe dar a visão arquitetural adequada para compreender problemas e modelar aplicações via OO, e o tópico [2] vai lhe permitir criar modelos de Bancos de Dados de alta eficiência.

Um último comentário, específico para o seu problema: evite jogar tudo na mesma tabela. Se jogar tudo na mesma tabela ela vai ter campos em excesso, e muitos deles não terão nada a ver com outros, p.ex. o campo de CNPJ faz sentido para Empresas, mas não para Pessoas Físicas. Então, é aconselhável criar tabelas separadas.