Olha eu não sou muito experiente em Hibernate, na verdade comecei faz pouco tempo, porém já fiz algumas coisas utilizando SQL, ou seja sem framework de persistência. Acredito que ambos os casos, tanto com framework ou sem, fica muito mais “simpático” utilizar classes DAO para fazer a persistência, recuperação e etc dos objetos.
Se eu estiver errado, por favor, me corrijam.