O set para arrays fica diferente. Ele aceita 2 parâmetros, o índice e o valor. O get fica só com o índice:
public class Diciplina
{
private double notas[]= new double[8];
public void setNota(int indice, double valor) {
notas[indice] = valor;
}
public void getNota(int indice) {
return notas[indice];
}
}
Para usar:
Disciplina matematica = new Disciplina();
matematica.setNota(0, 5.5);
System.out.prinln("A nota é " + matematica.getNota(0));
Note também os nomes de variáveis que usei. Um array guarda várias notas, então, seu nome deve ser notas (no plural) e não só nota1.
Os get e o set estão apenas alterando o valor de uma única nota, então, seu nome permanece no singular.