Estou com uma dúvida, não consigo rodar uma aplicação em java na Microsoft Virtual Machine, ela não contem os requisitos para rodar aplicações java ? eu sei que no JRE eu consigo rodar então para que serve a Microsoft Java Virtual Machine ?
Serve para abrir brechas de segurança no seu Internet Explorer. A VM da Microsoft seguia um padrão muito antigo (acho que era - mais ou menos - compatível com o padrão 1.1.5) até a Microsoft resolveu botar na cabeça de que seria implementar algumas coisas para deixar Java mais próximo ao Windows e destruiu todo o padrão determinado pela JCP. Enfim, se quiser usar uma JVM decente, use alguma implementação de um padrão mais recente, como as JVMs da Sun, da IBM, da BEA, da Blackdown (caso você queria usar Linux) ou da Apple (para MacOSX).