Beleza, talvez o que vou falar vc já fêz, mas vou insistir mesmo assim, sugiro o seguinte ():
Faça reúniões com a equipe para determinar a(s) estratégia(s) e medir as expectativas dos participantes.
Discuta a arquitetura a ser adotada, dizer que será JSF e Hibernate é pouquissimo; tem bastante coisa envolvida nisto pesquise (pode ser aqui no forum mesmo) sobre o que os outros fizeram quando utilizaram JSF.
Não esqueça de falar sobre a divisão do trabalho (o que, quem, como, quando etc…); verifique SCRUM, XP e outras metodologias àgeis.
Decida sobre o padrão de codificação para não ficar aquela bagunça gigante.
Você disse que irá passar “todos” sistemas para Java, verifique qual deles irá permitir maior reusabilidade e comece por ele; quando terminar este o restante estarão com algumas coisas prontas.
Decida sobre a interface gráfica com a equipe, para que não gerar um sistema de várias caras e cores.
Faça um levantamento para verificar quais códigos PL/SQL sairá do banco (caso decida fazer isto); tente evitar ao máximo redundancias de processos.
Pense em como serão feitos os testes.
Não esqueça também do controle de versões (caso vc não tenha um que seja interessante).
Decida sobre a escolha das ferramentas, frameworks, APIs e etc…
…
Na minha opinião antes de colocar as mãozinhas no código tem fazer isso que eu disse logo acima, fora outras coisas que não lembro agora (isso sem ver o que vc tem por aí).
Se vc achar que isso vai levar a discussões intermináveis (o que fatalmente acontece); a dica é a seguinte: estabeleça que as decisões tem que ser tomadas em um prazo que vc acha razoavel (1 semana, 2 semanas), se ninguem tiver idéia melhor será adotada a idéia vigente e que ela será alterada no decorrer do projeto se ficar provado que ela não é boa o suficiente. Normalmente a equipe arca com o desafio de não afetar muito o projeto com a implantação da nova idéia.