A diferença é grande, dependendo muito do que você fazia com o J2SE.
J2EE basicamente é um amontoado de API e nem sempre você irá utilizar todas elas.
A sua interface também será outra, J2EE na maioria dos casos, é uma Interface WEB, onde você pode utilizar JSP, Velocity, etc etc etc.
Acredito que você possa continuar usando o Netbeans, é só procurar alguns plugins para auxiliar no seu trabalho, mas inicalmente é bom aprender algumas coisas na mão (como por exemplo configurar contexto para o Tomcat, iniciá-lo na mão, criar arquivos .XML na mão e por ae vai).
Para um início, você pode seguir o seguinte tutorial do GUJ que explica como configurar o TOMCAT e fazer um “Hello World” usando Servlet http://www.guj.com.br/user.article.get.chain?page=1&article.id=9
Caso queira um ebook free na internet, você pode dar uma estudada em http://pdf.coreservlets.com/, já existem outras versões do livro, mas você pode começar dando uma lida nela.
Por enquanto esqueça frameworks (Struts, WebWork, Spring), brinque um pouco com JSP e Principalmente Servlet e quando você se sentir seguro, pode começar a estudar novas ferramentas
Espero ter ajudado