Ola Gostaria de saber se exite uma forma de criar uma comunicação com meu servidor de minecraft e minha aplicação java apenas por curiosidade.existe como?
Tem como voce fazer um plugin para isso. Qual seria a finalidade, as vezes conseguiria te ajudar mais sabendo
Eu estou aprendendo a criar plugins para minecraft server gostaria de aprender a fazer esse tipo de comunicação para aprender e entender como funciona e quem sabe usar esse conhecimento para criar alguma ferramenta para quem e admin de servidores. mais o principal mutivo para eu querer aprender e pela curiosidade 
Tem muita coisa que da para fazer com plugins, ja criei alguns. Recomendo dar uma olhada na documentação do Spigot ou Craftbukkit para ver a imensa quantidade de coisas que da pra se fazer