Modelagem de banco com hibernate

Bem, pelo que eu entendi, o uso do hibernate só é ideal, se ele criar tudo, inclusive as entidades de banco. Quando modelamos o banco, em relacionamento ManyToMany, se cria uma entidade intermediária entre essas entidades para valer o relacinamento. Essas tabelas intermediárias no banco de dados, deverá ser criada uma classe para elas também? Ex: Digamos que eu tenho uma Entidade chamada Funcionario e outra chamada Matricula. Claro que iso aí é um ManyTomany, logo criamos outra entidade chamada Matricula_func, por exemplo. Isso no banco. Devo criar no Java uma classe chamada Matricula_Func também? No meu entender sim. Se for verdade então, tudo que existir em meu banco, deve existir no java, certo? Ou vice-versa. Esses tipos de classes como Funcionários, Matricula, Setor é isso que eu chamo de POJO?