Cara, eu faria extamente isso, criando um jar por area do ERP.
No caso eu trabalho com seguros, seria algo assim: cobranca.jar, emissao.jar etc…
creio que ficaria mais facil de dar manutenção, porém tome cuidado para não misturar funcionalidades, em caso de haver rotinas muito parecidas nas áres, crie um biblioteca generica que atenda todas as area, ou seja, fazer com que essas rotinas possam se transformar no futuro, em serviços para sua empresa.
Outra coisa é que você tenha esses módulo independentes, por exemplo: Se você vender esse sistema, pode ser que o cliente não queira o módulo de cobrança, por já ter um na empresa, porém ele quer o de emissão e fabrica de produtos.
Espero ter ajudado,
abs,