Veja possíveis problemas que você pode ter com arrays multi-dimensionais, e como resolver isso.
Você pode ler este tutorial na íntegra em http://www.guj.com.br/java.tutorial.artigo.131.1.guj
Por favor, coloque as suas dúvidas e seus comentários sobre este tutorial aqui.
Sinta-se livre para fazer qualquer tipo de pergunta, desta maneira você estará nos ajudando e aos outros usuários!