Voce pode sim utilizar uma arquitetura MVC do mundo java, ou utilizar o um framework MVC focado na arquitetura do Cold Fusion, como o FuseBox ( um dos mais populares nessa categoria).
Nesse link você vai ter acesso a um artigo da própria Adobe, explicando como integrar o Struts (Framework Java MVC) + Cold Fusion -http://www.adobe.com/devnet/coldfusion/articles/struts.html .
O ColdFusion é escrito em Java, logo você tem total integração com Java e demais recursos.
Caso queira, pode escrever componentes CFC, utiliando a linguagem Java, a fim de melhorar seu encapsulamento de lógica na camada view.
Provavelmente você está pensando nessa arquitetura, para tirar poder do ColdFusion na camada Client - RichMedia, com as tags do ColdFusion que se integram de maneira transparente ao Flex.
Gosto bastante dessa arquitetura, e provavelmente você vai estar atrelado a um servidor de aplicações como JRun, esse pode ser um ponto de obstáculo, tanto comercialmente, quanto para Hosting.
Se quiser expandir um pouco mais seu conhecimento no mundo Java Rich Media, dê uma olhada no Laszlo, que pode ser uma opção sem custos para seu cenário.
Conheço as vantagens do Flex e sua otimização, chegando a ser 40% mais rápido que seu concorrente. A facilidade do ColdFusion, deve ser encarada também.
PS: Me conte depois oq pretende fazer, fiquei curioso 