Depois que é criado o banco de dados com as tabelas no MySql, é possível mover a pasta com todos os arquivos criados para um outro diretório e fazer com que o Java se conecte com o banco a partir desse novo diretório?
O Java, assim como qualquer outra linguagem que se conecta com MySQL, não lida com os arquivos do banco, e sequer conhece a localização deles… a aplicação se conecta ao servidor MySQL, esse sim conhece os arquivos, e usa o banco… portanto, você deve criar um banco dentro do servidor, usando os comandos apropriados pra isso, dê uma olhada na documentação do MySQL para saber como criar um banco a partir dos arquivos já existentes… mas o ideal para mover um banco de um servidor para o outro é usar as ferramentas do MySQL como o aplicativo mysqldump.
Opa,
Veja os softwares disponíveis que o Jair se referiu:
http://dev.mysql.com/downloads/gui-tools/5.0.html
:okok: