“fgtoledo”:
Vocês preferem Windows (netbeans) ou Dos (eclipse)?
Vocês preferem Linux com interface gráfica (netbeans) ou Linux com linha de comando (eclipse)?
bahh, esta comparação foi porca,
o que o eclipse tem a ver com linha de comando??
o que mais poderia ser comparado é, você prefere VI (Net Beans) que faz tudo o que você precisa, mas apenas da maneira dele
ou o Emacs (Eclipse) que faz tudo o que você precisa da maneira que você quiser?
hoje, o eclipse tem muito mais plugins disponiveis do que o netbeans, te da muito mais poder sobre como você vai trabalhar do que o netbeans
o net beans ja vem pronto, mas não te da opções, e se tu quiser um editor melhor para JSP?? no netbeans tu te ferrou, no eclipse, tu tem no minimo 5 editores diferentes para você escolher.
tu nunca vai conseguir programar em C++ para terminar aquele projeto que precisa de JNI dentro do NetBeans, dentro do eclipse tu consegue
…
e por ai vai, mas como ja disseram , a melhor IDE é aquele que te faz produzir mais (e sem refactoring no netbeans, ele fica longe de ser esta IDE pelo menos pra mim, sim eu sei que no 4.0 vai ter refactoring, mas ele ainda esta longe de estar pronto)
o netbeans não sabe nem adicionar imports sozinho, tu tem que fazer isto na mão, no Eclipse faz muito tempo que eu não faço isto, só preciono CTRL+SHIFT+O e ta tudo arrumadinho 
ele não tem formatados de código para JSP (pelo menos na ultima vez que procurei não achei)
no eclipse, se tu estiver utilizando o plugin para edição de JSP da IBM tem isto.
mas o netbeans foi o primeiro editor descente para JSP free, o eclipse demorou para ter um bom, mas hoje ja tem dois disponiveis, e os dois deixaram o do netbeans para traz 
mas o negócio é tu testar e ficar com a IDE que melhor te atender, que na maioria das vezes, é a que tu ta mais acostumado.
(acho que escrevi demais :D)