Meu, quando voce abre um arquivo sem informar nada, ele assume o diretorio corrente da aplicação, no caso do netbeans, o diretorio de instalação dele. Voce tem que abrir o arquivo como Resource da aplicação.
reader = new BufferedReader(new FileReader(this.getClass().getResource("empregados.txt")));
Ai sim ele vai assumir o diretorio da sua aplicação.
Cara, na 4.0 não sei se funcuionará, mas como ele utiliza o Ant, você pode definir isto através da target de execução, normal como tabalhar com ant extenamente.