Bem cara, eu costumo trabalhar com o Eclipse, na minha opinião o Netbeans automatiza muito as coisas, acho que temos que ter total gerência sobre o nosso código fonte, bem isso é apenas minha opinião, avalie os dois e trabalhe com qual vc se sente mais confortável e produtivo.
Então eu já usei muito o Eclipse, e estou querendo desenvolver este programa no NetBeans, aprender a mexer nele e tals.
Principalmente a parte visual, já li muita gente metendo o pau no VE do Eclipse.
Mas pra mim o eclipse é melhor tem um aparecia mais amigável com o programador.
No Netbeans ele bloquei-a alguns códigos e o que não acho legal, principalmente no Modo Desktop.
É legal arrastar e criar os códigos de forma automática e tal mas é bom saber o que cada condigo esta fazendo, eu particularmente gero a maioria dos códigos na mão, principalmente o layout da pagina, agora o Forms eu arrasto todos para a pagina, acho mais pratico.
Mas cada um tem uma forma que acha melhor para desenvolver.
Uns prefere o NetBeans e outros prefere o Eclipse.
Eu sugiro que testes as duas IDE’s e escolha a que melhor lhe agrade