Na classe que você utiliza para configurar ficaria mais ou menos assim:
public class Connection {
private EntityManagerFactory emf;
private EntityManager em;
public Connection() {
emf = javax.persistence.Persistence.createEntityManagerFactory("DatabasePU");
em = emf.createEntityManager();
}
Ou seja, a configuração do arquivo persistence.xml ficaria no código assim:
Você está usando MAVEN? Se sim, poste aqui o eu pom.xml, se não, então valide se existe uma versão do JAR hibernate-entitymanager nas libs de sua aplicação.