É que tem um livro que fala de programção usando os dois, então queris saber se fica diferente ou esse livro simplemsnte abordava as coisas normais de ambas linguagens mas usadas em conjunto.
O AJAX (Asynchronous Javascript and XML) é um conceito, uma forma de utilizar o Javascript e XML para fazer chamadas assíncronas ao servidor, melhorando assim e experiência do usuário do teu site.
Por exemplo, na tua página tem uma “div” que mostra algumas informações do teu sistema. Você pode criar um script com Javascript que faz chamadas ao servidor de tempos em tempos, mostrando assim os resultados na “div”, sem fazer necessidade de atualizar a página.
O JQuery é simplesmente um framework em Javascript que encapsula boa parte do código, facilitando assim a criação de scripts. Ele tem outras vantagens, como a flexibilidade de funcionar na maioria dos browsers, sem a necessidade de criar códigos isolados para browsers diferentes.
Você pode criar scripts com Javascript puro, ou utilizar o JQuery, utilizando conceitos de AJAX ou não. Depende da tua necessidade.