O melhor jeito para criar interface gráfica

Aprenda LayoutManagers como o MigLayout e os padrões do Java, uma boa tela é uma mistura de varios deles.

Descascar e comer?

Existem diversas formas de fazer e só a prática para determinar a mais adequada ao seu estilo.
Eu, particularmente, gosto do estilo que o Visual Editor (plugin do eclipse).

Ele monta a interface principal e cada componente a ser inserido está encapsulado em seu próprio método onde ficarão concentradas as configurações iniciais dos mesmos.
Ao adicionar cada item, faz-se um add(getComponent())

Quanto aos listeners, uso classes internas ou se há mais complexidade, crio uma classe publica ou default e adiciono uma nova instância do listener implementado evitando classes anônimas (salvo pouquíssimas exceções).

Em geral, monto a interface gráfica básica e depois, faço todo o resto “na unha” mesmo.