hackum,
o que você gostaria de fazer? JavaFX 2 é Java, você não está perdendo nada estudando ele.
Se quiser fazer um sistema para uso geral, na WEB(como facebook, Twitter, etc), não use JavaFX. Se quiser fazer um sistema que você tem controle dos usuários, do ambiente, JavaFX é uma opção.
Não há conhecimento jogado fora, mas você deve saber conhecer muito bem no que está mexendo.
É muito tenso esse assunto de "vale a pena". JavaFX não tem apelo de mercado tanto quanto JavaEE+Tecnologias WEB. Você deve entender muito bem o paradigma que estamos hoje.
Uns podem argumentar que vale a pena desenvolver em JavaFX por que as dores de cabeça com infraestrutura são menores, mas outros dizem uma outra buzz > Cloud Computing. Mas onde JavaFX se encaixa então?
Enquanto o barulho aponta para WEB, etc, eu ainda tenho críticas a esse modelo. São coisas que para muitos não importam de verdade, mas para outros, principalmente, principalmente no mundo de negócios, vale a pena contar.
Exemplo: JavaFX = Java, logo para criar um sistema enterprise completo, uma linguagem. JavaScript pode ser mais pesado dependendo de como você toca as coisas. Não adianta citar Google Docs, etc, você não tem uma equipe do Google na sua empresa! Sua empresa vai fazer solução específicas para determinado nicho, vale a pena considerar FX.
Dizem que tudo está lindo com Javascript, mas há outro problema aí também. Olha a página do GUJ, por exemplo, vários Javascript e CSS e estamos em uma página WEB, não em um sistema rico.
Obviamente esse não é um problema para especialistas, mas para o seu sistema específico, com uma equipe pequena, já considerou uma arquitetura client-side com WEB Services RESTful no servidor e um cliente JavaFX fornecido usando JNLP? (ou mesmo um instalador). Então vale sempre a pena pensar bem e ver o que é melhor para você, na sua situação!
JavaFX não está ai para brigar com HTML/CSS/JS, está para dar uma opção ao cliente rico e aplicações desktop: IDEs, "sistemas de padaria", clientes gordos de programas específicos, aplicações offline, etc