Eu sei, eu sei q devia perguntar na lista do swt… mas pode ser que algum cristão daqui possa responder, 
temos a versão do swt pra windows e a versão pra linux; não usando componentes win32 a aplicação fica 100% multiplataforma.
A questão é o jar do swt: aquele swt.jar que vem pra linux (com os .so de ligação com o GNOME, Mozilla entre otros…) é idêntico ao que vem pra windows? porque se for, o script de boot fica mais simples. se não for, bom, aí vou me aranjar, 
quem puder confirmar a informação, ou contradizer tamos aqui, 