O motivo para essa proibição é realmente nebuloso, já que teoricamente quanto mais aplicações a App Store tiver melhor para a Apple, uma vez que ela ganha 30% na venda de cada aplicativo.
No entanto, como a App Store no momento já possui mais de 150.000 aplicações, ela acabou se tornando uma plataforma muito poderosa, logo, a Apple não precisa mais se esforçar para atrair desenvolvedores. As empresas e desenvolvedores independentes irão publicar seus aplicativos na AppStore de qualquer forma, mesmo com essa nova restrição, já que muitas empresas possuem seu modelo de negócio quase que totalmente focado na App Store.
Então, se essas empresas desenvolveram ou pretendiam desenvolver aplicações usando ferramentas intermediárias ao invés de usar o iPhone SDK com o Objective-C, elas provavelmente irão usar as ferramentas indicadas pela a Apple de agora em diante, já que algumas dessas empresas ganham milhões com a App Store. Por exemplo, o jogo Plants vs Zombies gerou um lucro de 1 milhão de dólares só nos 9 primeiros dias de venda. É evidente que empresas como a PopCap, que o desenvolveu, lançarão seus produtos mesmo que tenham que ficar presos ao Objective-C, já que não podem dar as costas a um lucro tão grande e de certa forma fácil.
Sendo assim, é provável que o mercado acabe tendo mais pessoas qualificadas para desenvolver usando Objective-C, o que causa o efeito colateral de ter mais desenvolvedores habilitados a desenvolver para o Mac OS X. Isso poderia explicar essa nova restrição, ainda mais agora que há boatos que a Apple crie uma Mac App Store.
Por fim, vale lembrar que a proibição da Apple só é referente a App Store, ainda é possível desenvolver usando outras tecnologias e instalar o aplicativo no seu iPhone/iPod Touch/iPad, ou até mesmo lançar em uma loja alternativa para dispositivos desbloqueados, como a Cyndia.