Ofuscando WAR com ProGuard

Então galera, sou iniciante no java e estou com um problema aqui para ofuscar um War utilizando o proguard.

Por padrão, ao criar o WAR, o Eclipse está jogando os bytecodes “.class” para a pasta WEB-INF/classes do WAR,
porém segundo a documentação do proguard, as classes devem estar em WEB-INF/lib, dentro de um jar.

Como eu deveria proceder? Dar build em um jar com os fontes e jogar na pasta WEB-INF/lib, ou tem como alterar o caminho de WEB-INF/classes para WEB-INF/lib ja dentro de um jar?

PS: não estou usando Ant nem nada do tipo

PS2: Estou usando JSF com primefaces, e ja que as páginas usam os métodos e os atributos nas EL, será que continuaria funcionando?

Também gostaria de saber, vou acompanhar o fórum. Não consegui configurar corretamente.

Ofuscador atrapalha no desempenho da aplicação?