nania no seu arquivo properties (meusSQL.txt) vc terá uma estrutura assim:
query1=select * from guj
query2=select * from users where nome=Luiz and sobrenome=Aguiar
query3=select * from users where sexo=feminino
Então no seu programa vc vai usar:
public PreparedStatement getPreparedStatement(Connection conn, String queryName) throws SQLException {
String query = this.queries.getProperty(queryname);
return conn.prepareStatement(query);
}
No parametro queryName vc passaria por exemplo, query1, ou query2 e assim vai, conforme estiver no seu arquivo, ai ele te recupera a query referente ao nome que vc informou.