One-to-one

Seja mais específico, só com essas informações não dá para saber o que está acontecendo.

Está dando erro? ou simplesmente não insere? está usando Hibernate?

Como vc sabe qual cidade deve ser inserida no cliente?

while(it.hasNext()){
 	cid = (Cidade) it.next();
 }
 cliente.setCidade(cid);

Desse jeito ele pegará a última cidade e “setará” no objeto cliente
Não seria mais logico isso?

while(it.hasNext())
{
 	cid = (Cidade) it.next();
        if (cid.getNome().equals("Cuiaba"))
            break;
 }
 cliente.setCidade(cid);

Dentro do formulario de cadastro de cliente, eu tenho um lista de cidades, quando faço a inserção do cliente, e pega o valor da lista.