Opinião sobre ERRO do MYSQL com JAVA

Olá galera,
bem, vou direto ao assunto: tenho uma aplicação feita toda em Java com BD MySQL, durante a implementação mtas vezes ocorrem erros no MySQL, erros de leitura de auto-incremento, entre outras, de vez em quando preciso fazer um TRUNCATE em algumas das tabela, somente assim posso voltar a inserir dados perfeitamente. O problema é: se eu implantar esse sistema num local e ele der esses tipos de erros, a maneira de corrigir é efetuando um TRUNCATE nas tabelas, só q todos os dados vão se perder!!! E aí alguém pode me sugerir alguma idéia de como contornar esse problema? Já revi meus códigos e estão tudo OK! As tabelas no MySQL tbm, só esses ERROS q veêm do nada de vez em quando, e olha q o banco está bem pequeno hein?
Abraço a todos!